計算機軟件著作權糾紛案件具有高技術性、依賴于計算機的特性和表現(xiàn)形式的多樣性，因此，要識別和判斷侵權行為并不容易，其涉及到一系列的法律和技術問題，特別是原被告雙方均辦理著作權登記的情況下，軟件著作權律師認為源代碼的對比成為認定侵權的關鍵。軟件商業(yè)秘密鑒定的對象為代碼，代碼無外乎包含2種代碼形式，分別是源代碼和目標代碼，在軟件商業(yè)秘密侵權案件中，有時候有源代碼，也有目標代碼;有時候有源代碼而沒有目標代碼;有時候有目標代碼而沒有源代碼。

軟件著作權律師認為從技術角度來講，鑒定機構在認定源代碼是否相同的標準和方法上無疑有諸多的問題，這種問題根源與軟件技術的特殊性，即在于軟件的不斷更新與升級，其更新的頻率很高、幅度很大，其更新速度遠遠超過其他技術的更新速度，軟件著作權律師認為鑒定人員對于法律問題的認識往往會影響其采用的鑒定技術，從而對鑒定結果產(chǎn)生實質(zhì)性的影響。

從法律的角度來講，法院認定計算軟件著作權侵權行為成立，其思路依次為原告是否擁有該計算機軟件的著作權或相關合法權利、被告的行為是否經(jīng)原告授權或者是否有其他合法依據(jù)，法官對于計算機程序源代碼的比較幾乎全部依靠鑒定機構的意見，法官將材料提交鑒定機構后直到鑒定機構出具鑒定報告的時間段內(nèi)對整個鑒定過程是沒有任何參與的，有些案例中的原告因為無法取得被告的全部源代碼，對于能否適用證據(jù)規(guī)則第七十五條的妨礙舉證推定規(guī)則，實踐中多有爭議，部分法官則直接將中國版權中心備案的部分代碼作為檢材提交，個案中備案源代碼只占總程序的小部分，因此軟件著作權律師認為如何科學的認定侵權需要法官與鑒定機構充分的溝通。

法律與技術層面的割裂造成了對于源代碼侵權認定中的種種問題，例如軟件的版本問題，法官對于不同版本軟件之間的區(qū)別，以及原告在立案時以某一個登記的版本作為證據(jù)，但是在申請鑒定時又要求對比另外一個版本，此類問題與案件的具體情況有關。同時又涉及專業(yè)的軟件知識。再例如對于軟件著作權糾紛中源代碼相同比例與是否存在“實際接觸”的關系問題，在具體的審判中，往往同時涉及技術層面和法律問題。同醫(yī)療鑒定不同，法官對于此類案件鑒定結論的運用，往往不單純是一個法律判斷的問題，軟件著作權案件中源代碼侵權的認定無疑對法官的能力提出了更高的要求。對于此類問題的解決不可能在短時間內(nèi)完成，法官軟件知識的專業(yè)化是解決此類問題的方向，短期內(nèi)加強法律與技術層面的溝通與交流可以有效的解決源代碼侵權認定中出現(xiàn)的問題。軟件著作權律師認為建議在個案中法官應當對鑒定機構認定侵權的標準與方法予以明確，以便更加科學的解決源代碼侵權的認定問題。