1、排除了對責任人的追究。由于和解無須、甚至也無法嚴格堅持法律規(guī)則，和解把糾紛主體的意志置于判斷糾紛主體行為合法性以及處置糾紛權(quán)益關(guān)系的法律規(guī)則之上。因此，盡管和解可以消除糾紛，，但其卻也常常排斥了本應(yīng)介入的公權(quán)力機關(guān)對相關(guān)責任人的追究。這一問題在醫(yī)療事故和解中表現(xiàn)得尤為明顯。由于醫(yī)療事故往往存在民事責任、行政責任和刑事責任的競合，在發(fā)生競合情況下，當事人間的和解可能就排斥了衛(wèi)生行政部門和檢察機關(guān)對相關(guān)主體的責任追究，從而使責任人逃避法律制裁。實踐中，限制這種消極影響的辦法是為通過和解解決醫(yī)療糾紛劃定恰當?shù)倪m用范圍，規(guī)定屬于行政機關(guān)和檢察機關(guān)職權(quán)范圍內(nèi)的事項不適用和解。

2、通過和解解決醫(yī)療糾紛的局限性還表現(xiàn)在其他方面：

（1）運作中的隨意性使得人們對和解的公平性、合法性信心不足。

（2）和解協(xié)議效力不足也容易導致更大的風險和重復(fù)成本。

因此，在通過和解解決醫(yī)療糾紛的時候，應(yīng)一方面鼓勵醫(yī)療糾紛當事人采用要式和解協(xié)議，并通過公證或擔保等形式以加強和解協(xié)議的法律效力；另一方面應(yīng)協(xié)調(diào)和解和其他醫(yī)療糾紛解決方式之間的銜接，一旦和解破裂就及時通過其他糾紛解決方式解決醫(yī)療糾紛，如此才能更好的發(fā)揮和解在醫(yī)療糾紛解決過程中的作用。