1、納稅人在輔導期內增購專用發(fā)票，繼續(xù)實行預繳增值稅的辦法，預繳的增值稅可在本期增值稅應納稅額中抵減，抵減后預繳增值稅仍有余額的，應于下期增購專用發(fā)票時，按次抵減。

2、主管稅務機關應加強對納稅人預繳稅款抵減的審核工作：

（1）納稅人發(fā)生預繳稅款抵減的，應自行計算需抵減的稅款并向主管稅務機關提出抵減申請。

（2）主管稅務機關接到申請后，經審核，納稅人繳稅和專用發(fā)票發(fā)售情況無誤，且納稅人預繳增值稅余額大于本次預繳增值稅的，不再預繳稅款可直接發(fā)售專用發(fā)票；納稅人本次預繳增值稅大于預繳增值稅余額的，應按差額部分預繳后再發(fā)售專用發(fā)票。

3、主管稅務機關應在納稅人輔導期結束后的第一個月內，一次性退還納稅人因增購專用發(fā)票發(fā)生的預繳增值稅余額。因文件中沒有規(guī)定，企業(yè)在輔導期滿后的預繳可以抵扣應繳稅款，輔導期滿后的一個月內，可以到主管稅務機關辦理一次性退還納稅人因增購專用發(fā)票發(fā)生的預繳增值稅余額。