對于在行政訴訟中經過庭審質證的證據(jù)，可以采用兩種方式認定：(1)合議庭當庭認定。即合議庭對經過質證的證據(jù)是否具有證據(jù)能力和證據(jù)力在庭審中就予以確認。(2)合議庭合議認定。這主要針對那些經過質證后無法當庭認定的證據(jù)而言，此時，由合議庭在庭后討論過程中對證據(jù)是否具有證據(jù)能力和證據(jù)效力進行認定。然而，無論是當庭認定還是合議認定，法院都應在裁判文書中闡明證據(jù)是否采納的理由，因為行政訴訟證據(jù)審查必須依法公開進行，認證在法庭上進行則是法定公開形式，這在行政訴訟法及相關司法解釋中均有所體現(xiàn)，而且，對證據(jù)采納與否的理由闡明有利于排除不合理的外界干擾，以保證法院獨立審判，有利于防止司法專斷和司法擅斷，從而可增加司法過程的透明度。

行政審判中目前卻存在著如下問題：(1)某些法院單純追求當庭認證率，這是對合議庭認證方式的片面理解。實際上，由于證據(jù)之間以及證據(jù)與案件事實之間的關系具有復雜性，一味地要求當庭認證不符合實際，應針對具體案件進行具體分析，即是否當庭認證，可由法官依據(jù)案情確定。(2)證據(jù)是否采納的理由未在法院的裁判文書中闡明。按照認證規(guī)則，無論是哪一級法院的裁判文書，都必須寫明對當事人的證據(jù)是否采納的理由，其中包括法官認證的過程和理由、法官適用法定證據(jù)規(guī)則取舍證據(jù)的理由等。當然，在某些特殊情況下，如雙方當事人對某一證據(jù)無爭議時，法院可不必在裁判文書中闡明證據(jù)是否采納的理由，但對此應有所限制。對于上述不當之處，法官應注意結合此處的規(guī)范要求予以糾正。

依據(jù)指引：

①《最高人民法院關于行政訴訟證據(jù)若干問題的規(guī)定》(2002年7月24日)

第七十二條 庭審中經過質證的證據(jù)，能夠當庭認定的，應當當庭認定；不能當庭認定的，應當在合議庭合議時認定。

人民法院應當在裁判文書中闡明證據(jù)是否采納的理由。

②《最高若干問題的解釋》(2000年3月8日)

第六十二條人民法院審理行政案件，適用最高人民法院司法解釋的，應當在裁判文書中援引。

人民法院審理行政案件，可以在裁判文書中引用合法有效的規(guī)章及其他規(guī)范性文件。

③《最高人民法院關于人民法院合議庭工作的若干規(guī)定》(2002年7月30日)

第十條 合議庭評議案件時，先由承辦法官對認定案件事實、證據(jù)是否確實、充分以及適用法律等發(fā)表意見，審判長最后發(fā)表意見；審判長作為承辦法官的，由審判長最后發(fā)表意見。對案件的裁判結果進行評議時，由審判長最后發(fā)表意見。審判長應當根據(jù)評議情況總結合議庭評議的結論性意見。