用人單位與員工既可在勞動合同中約定保密條款，也可以訂立專門的保密協(xié)議。但無論選擇何種方式，都應(yīng)當采取法定的書面形式，并做到條款清晰、明確。
1、遵循公平原則，兼顧雙方的利益。我國《勞動法》第22條規(guī)定：勞動合同當事人可以在勞動合同中約定保守用人單位商業(yè)秘密的有關(guān)事項，這是勞動領(lǐng)域中訂立保密協(xié)議的法律依據(jù)?！逗贤ā返?條規(guī)定：當事人應(yīng)當遵循公平原則確定各方的權(quán)利和義務(wù)。保密協(xié)議跟其他協(xié)議一樣，首先必須遵循公平、平等的原則，才具有法律效力。
2、明確保密范圍。不同的企業(yè)和同一企業(yè)的不同時期，所持的商業(yè)秘密是不一樣的，在約定保密內(nèi)容時，務(wù)必把需要保密的對象、范圍、內(nèi)容和期限等明確下來。此外，當商業(yè)秘密具有企業(yè)無形資產(chǎn)和職工個人勞動成果雙重性質(zhì)時，例如廣告公司策劃人員的創(chuàng)意工作、IT公司技術(shù)人員完成的編程、數(shù)據(jù)庫等，應(yīng)當特別注意明確其性質(zhì)屬于個人著作權(quán)還是公司商業(yè)秘密？當事人是否要承擔(dān)保密義務(wù)。
3、明確保密主體和保密義務(wù)期限。除保密崗位和技術(shù)崗位這兩種涉密崗位以外，一般員工（包括不承擔(dān)保密義務(wù)的人員）在工作中有意或無意獲悉公司的商業(yè)秘密時，也應(yīng)該列入保密主體的范圍，承擔(dān)保密責(zé)任；掌握了商業(yè)秘密的員工的家屬、朋友，對保守商業(yè)秘密也應(yīng)該履行同等義務(wù)。
雖然法律規(guī)定，保守公司商業(yè)秘密的義務(wù)不因勞動合同的解除、終止而免除，但由于商業(yè)秘密存在過期、被公開或被淘汰的情況，因此最好還是約定保密義務(wù)的起止時間。此外，保密主體在用人單位授權(quán)、司法調(diào)查或用于個人學(xué)習(xí)研究等特殊情況下使用商業(yè)秘密的，均可不視為違約。
4、采取競業(yè)限制、脫密期保護等特殊方式操作時應(yīng)當規(guī)范。競業(yè)限制一般表現(xiàn)為，要求在職職工不得到同類企業(yè)兼職、離職后未經(jīng)同意不得到原企業(yè)競爭對手處任職、不得自行組建同類企業(yè)參與競爭、不得唆使原單位的其他員工接受外界聘用、不為企業(yè)競爭對手提供咨詢、建議服務(wù)等。參照原勞動部《關(guān)于企業(yè)職工流動若干問題的通知》、國家科委《關(guān)于加強科技人員流動中技術(shù)秘密管理的若干意見》，競業(yè)限制的時間一般不得超過3年。用人單位還必須支付一定數(shù)額的經(jīng)濟補償，一般不得少于該員工離開企業(yè)前最后一個年度從該企業(yè)獲得的報酬總額的2/3。
約定脫密期的適用對象一般只限于掌握企業(yè)重要商業(yè)秘密的技術(shù)人員和管理人員。用人單位可采取調(diào)換崗位、變更勞動合同內(nèi)容等措施，對有關(guān)人員做脫密處理。但在時間問題上，應(yīng)當參照《關(guān)于企業(yè)職工流動若干問題的通知》等規(guī)定，一般不得超過勞動合同解除或終止前6個月。
5、明確違約的情形及法律責(zé)任。違約金數(shù)額一般不超過職工所知悉的公司商業(yè)秘密的許可使用價格；職工違反競業(yè)限制條款的，違約金一般不超過補償費的1至2倍。
對于侵犯商業(yè)秘密的行為，原勞動部《違反〈勞動法〉有關(guān)勞動合同規(guī)定的賠償辦法》規(guī)定，職工違反保密協(xié)議造成用人單位損失的，應(yīng)當按《反不正當競爭法》第20條的規(guī)定支付用人單位賠償費用。以上規(guī)定僅適用于保密協(xié)議沒有明確違約責(zé)任的情況。若其他用人單位與員工共同對原用人單位造成損失的，可同時要求該單位承擔(dān)連帶賠償責(zé)任，其份額一般不低于賠償總額的70%。此外，我國民法、刑法也規(guī)定了相關(guān)的救濟途徑，在此不再贅述。
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